V roku 1621, kedy umrel posledný z rodu Balašovcov, sa zemepánmi stali Pálfiovci. Pavol IV. Pálfi začal na našom území s rozsiahlou rekatolizáciou a výstavbou františkánskeho kláštora s kostolom s podzemnými kryptami. Kláštor bol odovzdaný františkánov v roku 1653. V interiéri kostola však ešte vtedy chýbali oltáre, organ, či kazateľnica a samotný chrám bol vysvätený až v decembri 1660 čanádskym biskupom Tomášom Pálfim. Kostol je s kláštorom spojený chodbami a chórom. Chrámová loď je v barokovom štýle. Po jej bokoch sú kaplnky a vpredu je zakončená svätyňou, kde je umiestnený hlavný oltár. Na stene ľavej časti svätyne sa nachádza epitaf grófa Mikuláša V. Pálfiho. Dali ho postaviť jeho vnuci Leopold, Mikuláš a Rudolf. Autorom náhrobku je uvádzaný Ján Mikuláš Moll. Po vstupe do chrámu pozornosť každého návštevníka upúta veľkoleposť hlavného oltára. Pochádza z prvej polovice 18. storočia. Celý je vyrezávaný z dreva, kolorovaný a bohato pozlátený. Takisto ako chrám je zasvätený Nepoškvrnenému počatiu Panny Márie, svedčí o tom aj ústredný motív zadnej dekoratívnej časti – socha Panny Márie (Nepoškvrneného počatia) v nadživotnej veľkosti.
Sväté schody sa nachádzajú vo františkánskom kostole Nepoškvrneného počatia Panny Márie. Kaplnka Svätých schodov bola postavená na príkaz Pavla Pálfiho spolu s kláštorom. Sväté schody sú na svete troje. V Ríme sa nachádzajú pôvodné, po ktorých kráčal Kristus do Pilátovej siene. Kópie sa nachádzajú v Jeruzaleme a v Malackách. Schodov je dvadsaťsedem a sú v nich uložené relikvie svätých Detéria, Valentína a Blaženy.
Farský kostol na Dolnom konci je jednou z najstarších zachovaných stavieb v Malackách. Bol postavený protestantskými zemepánmi Balašovcami. Jednoloďová stavba s polygonálnym presbytériom bola postavená okolo roku 1574. Po roku roku 1621 prešiel kostol do rúk katolíkov. V roku 1672 bola pristavená veža v neskoro-renesančnom slohu. Zo sakrálnych výtvarných pamiatok interiéru k najhodnotnejším patrí kazateľnica z druhej polovice 17. storočia. V strede oltára sa nachádza maľovaný obraz Najsvätejšej Trojice z polovice 19. storočia. Kostol má dva bočné oltáre. Oltár Lurdskej Panny Márie a oltár Božského srdca Ježišovho. Pod kostolom sa nachádza krypta.