Kostol bol postavený v roku 1814 a patrí ku kostolom, ktoré v Evanjelickej cirkvi a. v. boli postavené po vydaní Tolerančného patentu, teda po roku 1781. Kostol bol postavený v klasicistickom slohu, ktorý je charakteristický výtvarnými myšlienkami antiky – teda poriadku a prísnosti. Má predĺžený pôdorys a na tú dobu neobyčajne situovaný oltár – oproti hlavnému vchodu, ktorý je uprostred dlhšej strany stavby. Na opačnej strane je situovaný do farského dvora polkruhovou sakristiou s vchodom pre kňaza. Nad hlavným vchodom, ktorý v tom čase nesmel byť situovaný na hlavnú cestu, je malá vežička s cibuľovitým ukončením s dvojkrížom.
V 13. storočí opát benediktínskeho opátstva na Hore sv. Martina dal postaviť v Dénesde kostol zasvätený sv. Bartolomejovi. V čase náboženských rozbrojov v 17. storočí plnil aj funkciu farského kostola (1684). Keďže svojou veľkosťou nevyhovoval pre pútnikov, vtedajší opát Daniel Somogyi dal v rokoch 1786 až 1797 postaviť na mieste románskeho kostola väčší kostol. Ako kostol Povýšenia sv. Kríža ho posvätili v roku 1797. Kostol, ktorý je jednou z najvýznamnejších pamiatok v obci, bol v roku 1963 vyhlásený za kultúrnu pamiatku. Jeho generálna oprava sa uskutočnila v rokoch 1982 až 1984. Vymenil sa celý krov, strešná krytina, podlahy, časti omietok a celý kostol sa vymaľoval. V rámci opravy sa strecha kostola pokryla medeným plechom. V rokoch 1989 až 1990 bola postavená nová fara, ktorá sa v roku 1996 stala sídlom Dominikánskeho konventu v Dunajskej Lužnej. Od roku 2004 postupne prebieha rozsiahlejšia rekonštrukcia kostola Povýšenia sv. Kríža (sanácia vlhkých múrov, výmena okien, inštalácia nového elektrického vedenia, výmena lavíc, vonkajšia i vnútorná maľovka, nové vchodové dvere, úprava okolia a priestoru medzi kostolom a farskou budovou).