A Győri Evangélikus Egyházközség és a Bőnyi Református Egyházközség – a gönyűi evangélikus szórvány és református leánygyülekezetek kívánságára – Gönyűn felépítette a két felekezet közös templomát, melyet 2005 pünkösdjén szenteltek fel. Az épület magán viseli a protestáns templomépítészet hagyományait és a modern építészeti jegyeket. Stílusa megjeleníti az erdélyi falvak templomainak meghitt hangulatát. A templombelső egyterű, berendezése a protestáns liturgia méltó szolgálója. A gazdag, ún. írásos hímzéssel készített kézimunkák a hívő közösség asszonyainak munkáját dicsérik. A szószéket faragott szimbólumok ékesítik. A két közösség jó szívvel keresi a saját alkalmak mellett az ökumenikus együttléteket is. „Más alapot senki sem vethet a meglévőn kívül, amely a Jézus Krisztus.” (1Kor 3,11) Gönyűn sajátos adventi hagyomány, hogy 24 család kerítésén 1-1 apró házikó ablaka nyílik ki karácsonyig minden reggelen. Az első ablakot a református-evangélikus templomban, az utolsót pedig a katolikus templomban nyitják ki. Kellemes ünnepi túra felkeresni az utcákban megbújó 24 házikót.
A Fellner Jakab tervei alapján, copf stílusban épült templomot 1795-ben szentelték fel. Az 1796-ban festett oltárképen Szent Péter és Szent Pál apostolok találkozása látható. Mellette Szent István és Szent László királyok barokk szobrai állnak. Értékes alkotás a szószék, hangvetőjén a Jó Pásztor szobrával, oldalán a Magvető domborművével. Az 1878-80-as felújítás eredménye a neoklasszicista homlokzat. A bejárat fölé a felújításról megemlékező, latin nyelvű tábla került. A templom tornyának 2004-es felújításakor pedig egy utókornak szánt áldás került elő 1879-ből. A Duna parti község lakóinak évszázadokon a nagy folyam biztosította a megélhetést (kikötő, vízimalmok, halászat, hajózás). A falu nagy becsben tartott hajós-zászlójának képei a „vízen járók” oltalmazóit ábrázolják. A zászló egyik képen Jézus nyújtja a kezét a kételkedő, a habokban már-már elmerülő Péternek. A zászló másik képén Miklós püspök látható, mint a hajósok és a gyermekek patrónusa. Eleven hagyomány a télvégi hajós mise, ahol a hajós zászlót követő hívek megkerülik az oltárt és adományaikat egy kosárba teszik. A pénzt egykor a beteg hajósok, a hajós özvegyek és az árvák megsegítésére fordították.