A templom 1795-ben épült. A protestáns egyházakra akkor érvényes előírások szerint az épület bejáratát egy zárt udvaron át lehet csak megközelíteni. Barokk berendezését az 1782-ben megszűnt magyaróvári kapucinus kolostorból vásárolták. Ekkor került helyére a szószékkel egybeépített, ma is látható oltár és a karzat, amely eredetileg rövidebb volt a ma láthatónál. Felszentelésének századik évfordulóján (1987-88) a templomot felújították. Régi, hengersüveges tornyát lebontották, az új toronyra barokk stílusú sisakot emeltek. A templombelső is megújult, új keresztelőkút és csillár készült, az oltárra új feszület került és megújult a templom orgonája is. Ekkor helyezték a bejárat fölé a márványlapot, melyen a Zsoltárok könyvéből vett idézet, s az újjáépítés dátuma olvasható.
A látogatóközpontot a középkori bencés apátság épülete egy részének alapjára emelték. A bencések 1529-ben hagyták el Lébényt. 1638-ban a jezsuita szerzetesek tulajdonába került az apátság, akik a felújított középkori kolostorba lábadozókat és öregeket helyeztek el. A megmaradt épületrészt 1838-ban plébániává alakították át. Az új plébániaépület Maráz Péter tervei alapján 2002-2003-ban, a román kort idéző stílusban épült, a középkori kolostor gazdasági udvara helyére. Építését régészeti kutatás előzte meg, melynek során értékes középkori emlékek kerültek elő. A leletek a mosonmagyaróvári múzeumban tekinthetők meg. Az épületet Reicher János gútai kovácsmester munkái díszítik (Jó Pásztor, Szűz Mária Gyermekével). A központ várja a zarándokokat és turistákat, akik találkozhatnak Szent Jakab első apostol-vértanú ereklyéjével.
A bencés szerzetesek az Árpád-korban települtek Lébénybe. Az apátságot egy 1199-es keltezésű oklevélben már említik. A falu legmagasabb pontján álló templom 1212-ben épülhetett. Védőszentje Szent Jakab apostol. A román stílusjegyeket hordozó épület 30–33 méter magas, zömök főhajóból és két mellékhajóból áll. A főhajó belmagassága 16 méter. Nyugati oldalánál a román kori bélletes oszlopos kapun léphetünk be, melyen megcsodálhatjuk a gazdag levéldíszítést és a két fejplasztikát, amelyek a legenda szerint az építtető apát és az építőmester arcát mintázzák. A kapu fölött secco ábrázolja a Háromkirályok imádását. A déli homlokzatot a nyugatinál szerényebb bélletes kapu díszíti. A templom alapvetően megőrizte eredeti formáját, a hajók dongaboltozata valószínűleg a 17. századból való. A szószék, az oltárok és a színes ablaküvegek a 19. századi helyreállításkor készültek. A főoltáron Szent Jakab szobra látható, lábánál a templom kicsinyített másával. A lébényi templom főbejárata első lépcsőfokának tengerszint feletti magassága azonos a győri városháza tornyáéval.