Ferences kolostor és templom, Kripták (a templom alatt)

1621-ben, amikor a Balassa család kihalt, Malacka a Pálffyak birtokába került. Pálffy Pál (IV.) erőteljes rekatolizációba kezdett ezen a vidéken, egyebek mellett elrendelte a ferences rendi kolostor és templom, valamint a föld alatti kripták építését. A kolostort 1653-ban adták át a ferenceseknek. Ekkor a templomból még hiányzott az oltár, az orgona, a szószék, így a felszentelésére csak 1660 decemberében került sor Pálffy Tamás csanádi püspök által. A templomot és a kolostort a folyosók mellett a karzat köti össze. A templomhajó a barokk stílusjegyeit viseli. Oldalról kápolnák övezik, elöl a szentély zárja le, ahol a főoltár kapott helyet. A szentély bal oldalán helyezték el Pálffy Miklós (V.) epitáfiumát, amelyet unokái, Lipót, Miklós és Rudolf állíttattak az emlékére. A mű alkotójaként Johann Nikolaus Moll nevét tüntették fel. A templomba lépve minden látogatót megállásra késztet a 18. század első feléből származó, fából faragott, színezett és gazdagon aranyozott, lenyűgöző főoltár. Ahogy a templomot, úgy az oltárt is a szeplőtlen fogantatás tiszteletének szentelték. Erről tanúskodik a hátsó, dekoratív rész központi motívuma is – Szűz Mária (a szeplőtlen fogantatás) életnagyságot meghaladó szobra.