Der evangelische Pfarrsprengel Győr und die reformierte Pfarre Bőny erbauten auf Antrag der evangelischen lutherischen Diaspora und der reformierten Töchterpfarrsprengel von Gönyű eine für beide Konfessionen gemeinsame Kirche, die am Pfingstmontag 2005 eingeweiht wurde.Das Gebäude trägt die Merkmale des protestantischen Kirchenbaus und der modernen Baukunst. Der Baustil erinnert an die behagliche Stimmung der Kirchen siebenbürgischer Dörfer. Die Kirche ist einschiffig, die Einrichtung dient der protestantischen Liturgie. Die reich gestickten Handarbeiten sind ein Lob auf den Fleiß der Frauen des Dorfes. Geschnitzte Symbole schmücken die Kanzel. Die beiden Kirchgemeinden suchen neben eigenen Veranstaltungen auch Möglichkeiten ökumenischer Zusammenkünfte. „Einen anderen Grund kann niemand legen außer dem, der gelegt ist, welcher ist Jesus Christus.“ (1. Korinther 3, 11)Eine eigenartige Tradition ist in Gönyű im Advent, dass sich bis Weihnachten jeden Morgen das Fenster eines kleinen Häuschens an den Zäunen von 24 Familien öffnet. Das erste Fenster wird in der reformierten-evangelischen Kirche, das letzte in der katholischen Kirche geöffnet. Ein angenehmer festlicher Spaziergang ist es, alle 24 Häuschen in den Straßen aufzusuchen.
Die nach den Plänen von Jakob Fellner im Zopfstil errichtete Kirche wurde 1795 eingeweiht. Auf dem im Jahr 1796 geschaffenen Altarbild ist die Begegnung der beiden heiligen Petrus und Paulus dargestellt. Neben dem Altar stehen die Barockstatuen der Könige Sankt Stephan und Sankt Ladislaus. Ein wertvolles Kunstwerk ist die Kanzel mit der Statue des Guten Hirten und dem Relief des Sämanns auf der Schallwand. Im Zuge der Erneuerung in den Jahren 1878-1880 erhielt die Kirche eine neoklassizistische Fassade. Über den Eingang wurde eine lateinsprachige Gedenktafel über die Erneuerung gesetzt. Bei der Instandsetzung des Kirchturms im Jahr 2004 wurde eine für die Nachwelt gedachte Segenschrift aus dem Jahr 1879 gefunden.Der große Fluss sicherte den Bewohnern des am Donauufer liegenden Dorfes jahrhundertelang den Lebensunterhalt (Flusshafen, Wassermühlen, Fischerei, Schifffahrt). Auf der außerordentlich wertvollen Schiffsflagge des Dorfes sind die Schutzpatrone der mit dem Wasser verbundenen Berufe dargestellt. Auf dem einen Bild der Flagge reicht Jesus dem kleingläubigen, im Meeresschaum versinkenden Petrus die Hand. Auf dem anderen Bild der Flagge ist Bischof St. Nikolaus, der Schutzpatron der Kinder und der Schiffer, dargestellt. Eine lebendige Tradition ist die Fischermesse gegen Ende des Winters, bei der die Gläubigen, die der Flagge folgen, um den Altar herumgehen und ihre Spenden in einen Korb legen. Die Gaben wurden einst verwendet, um kranken Matrosen, Schifferwitwen und Waisen zu helfen.